Die Pathogenese untersucht die Entstehung einer Krankheit und die damit verbundenen Ereignisketten, die Schritt für Schritt morphofunktionelle Veränderungen der Zellen und Gewebe der betroffenen Organe bestimmen. Diese Veränderungen können durch chemische, physikalische oder biologische Agenzien (Viren, Bakterien usw.) verursacht werden.
Wir könnten daher Pathogenese als den Mechanismus definieren, durch den ein ätiologisches Agens (Erreger, zum Beispiel ein Bakterium oder eine Strahlung) die Krankheit bestimmt. Nicht umsonst leitet sich der Begriff Pathogenese von der Vereinigung der griechischen Wörter ab Pathos, "Krankheit", e Genesis, "Schaffung".
Während die Ätiologie die Ursachen definiert, untersucht die Pathogenese die Folgen.
Bei der Lektüre medizinischer Texte können wir daher auf Begriffe stoßen wie: mikrobielle Pathogenese, entzündliche Pathogenese, virale Pathogenese, maligne Pathogenese (Tendenz einer Krankheit, meist Tumor, sich fortschreitend zu verschlimmern, bis sie potenziell tödlich wird). Viele Krankheiten erkennen unterschiedliche ursächliche Faktoren (multifaktorielle Ätiologie) und noch zahlreicher sind solche, die durch unterschiedliche evolutionäre Mechanismen gekennzeichnet sind (multiple Pathogenese).